Les uropathogènes sous la loupe – aperçu épidémiologique
Après l’aperçu épidémiologique des entéropathogènes publié plus tôt cette année, nous présentons dans cet article une description des germes uropathogènes isolés au cours de l’année écoulée (2024–2025) dans notre laboratoire à partir de cultures d’urine. Nous comparons également ces résultats aux données de 2018 et dressons un état des lieux actuel de la résistance aux antibiotiques. Cela nous permet d’évaluer l’existence d’évolutions significatives et de vérifier si notre traitement empirique des infections urinaires reste adapté aux profils de résistance actuels.
Répartition des uropathogènes
Parmi toutes les cultures d’urine réalisées en 2024–2025, 90 % provenaient de patients ambulatoires et 10 % de résidents de maisons de repos et de soins (MRS) ; en 2018, ces proportions étaient respectivement de 89 % et 11 %. Dans la population ambulatoire, un uropathogène a été isolé dans 33 % des échantillons, un pourcentage identique à celui de 2018. Dans la population des MRS, on observe une légère diminution de la proportion d’échantillons positifs : 57 % en 2024–2025 contre 61 % en 2018.
Escherichia coli reste de loin l’agent causal le plus fréquent des infections urinaires. Chez les patients ambulatoires, E. coli a été identifié dans 57,5 % des échantillons positifs ; en MRS, ce pourcentage était de 52,9 % (tableau 1). Proteus mirabilis et Pseudomonas aeruginosa sont nettement plus souvent isolés chez les résidents de MRS que chez les patients ambulatoires. La présence d’entérocoques ou de streptocoques du groupe B dans les urines ne reflète souvent pas la situation au niveau de la vessie et n’est donc pas nécessairement la cause d’une cystite. La bactériurie asymptomatique est fréquente, en particulier chez les résidents de MRS, et s’accompagne souvent de pyurie. Il ne faut pas traiter une bactériurie asymptomatique. Le contexte clinique, tel que la douleur, la fièvre et la dysurie, reste déterminant pour décider ou non d’instaurer un traitement.
Tableau 1. Aperçu des germes isolés dans les cultures d’urine
Période octobre 2024 – octobre 2025 versus janvier – décembre 2018
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Germe
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Ambulatoire (%)
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MRS (%)
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| 2024-2025 | 2018 | 2024-2025 | 2018 | |
| Escherichia coli | 57,5 | 65,8 | 52,9 | 55,1 |
| Enterococcus faecalis | 9,5 | 7,8 | 7,4 | 6,5 |
| Klebsiella pneumoniae | 7,4 | 6,7 | 10,8 | 11,3 |
| Proteus mirabilis | 4,4 | 4,1 | 9,0 | 9,9 |
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Streptocoques
du groupe B (S. agalactiae) |
3,8 | 2,4 | 1,1 | 0,8 |
| Klebsiella oxytoca | 1,6 | 1,6 | 1,4 | 1,6 |
| Staphylococcus saprophyticus | 2,4 | 1,9 | 0,1 | 0 |
| Pseudomonas aeruginosa | 1,6 | 1,6 | 3,5 | 4,5 |
| Citrobacter koseri | 1,6 | 1,3 | 1,3 | 0,8 |
| Morganella morganii | 1,1 | 0,8 | 1,3 | 1,3 |
| Staphylococcus aureus | 0,9 | 0,7 | 0,8 | 0,7 |
| Enterobacter aerogenes | 0,7 | 0,6 | 0,5 | 0,7 |
| Autres | 6,7 | 4,7 | 9,4 | 6,8 |
Résistance aux antibiotiques
Le tableau 2 présente le niveau de résistance (en %) par rapport aux antibiotiques rapportés. Les germes isolés chez les résidents de MRS présentent en 2024–2025, comme en 2018, une résistance nettement plus élevée à la plupart des antibiotiques que ceux provenant de patients ambulatoires. Une exception concerne P. aeruginosa, pour lequel la résistance reste comparable dans les deux populations. En outre, la prévalence des souches productrices de BLSE est nettement plus élevée en MRS. Le pourcentage d’entérobactéries productrices de carbapénémases (CPE) reste heureusement faible, y compris en MRS.
Compte tenu des faibles taux de résistance d’E. coli, l’uropathogène le plus fréquent, vis-à-vis de la nitrofurantoïne et de la fosfomycine, ces antibiotiques restent des choix très fiables pour le traitement empirique de la cystite. En revanche, pour Klebsiella pneumoniae, les taux de résistance à la fosfomycine ont fortement augmenté par rapport à 2018. Les taux de résistance aux fluoroquinolones sont relativement élevés, tant en MRS qu’en ambulatoire. Il convient donc d’éviter ces antibiotiques dans le traitement de la cystite. Lorsque, malgré tout, une fluoroquinolone a été initiée empiriquement dans le cadre d’une pyélonéphrite ou d’une prostatite aiguë, il est essentiel de suivre attentivement l’antibiogramme et d’adapter la thérapie si nécessaire.
En cas de cystite due à P. aeruginosa, la ciprofloxacine reste indiquée, car il s’agit de la seule alternative orale. Il convient de noter que l’interprétation de la catégorie « I » de l’antibiogramme a été modifiée il y a quelques années : « I » signifie désormais « sensible à forte dose » au lieu de « intermédiaire ». Ainsi, Pseudomonas n’est jamais rapporté comme « S = sensible » à la ciprofloxacine, mais comme « I = sensible à forte dose » ou « R = résistant ». La forte dose correspond à 750 mg toutes les 12 heures, au lieu de 500 mg toutes les 12 heures.
Tableau 2. Résistance aux antibiotiques (%) des uropathogènes
Période octobre 2024 – octobre 2025 versus janvier – décembre 2018
CPE: entérobactéries productrices de carbapénémases; ESBL/BLSE: bêta-lactamases à spectre étendu; MRS: maisons de repos et de soins; R: résistance intrinsèque
Messages clés
- E. coli reste de loin le principal uropathogène, tant en ambulatoire qu’en MRS.
- La nitrofurantoïne et la fosfomycine demeurent des options très fiables pour le traitement empirique de la cystite, compte tenu de la faible résistance d’E. coli.
- Les fluoroquinolones présentent des taux de résistance relativement élevés ; il convient de les éviter dans la cystite.
- En cas de cystite due à P. aeruginosa, la ciprofloxacine est la seule alternative orale, toujours à forte dose.
- Les souches productrices de BLSE sont plus fréquentes en MRS, tandis que les CPE restent rares.
- Il ne faut pas traiter la bactériurie asymptomatique : le contexte clinique est essentiel pour décider d’un traitement.